تدور أحداث “ناروتو” في عالم خيالي حيث يعيش البشر إلى جانب المخلوقات السحرية مثل الشياطين. القصة تركز على ناروتو أوزوماكي، شاب مراهق يسعى لأن يصبح هوكاجي، أقوى مقاتل نينجا في قريته كونوها (قرية الورق المخفية). ولكن هناك تحديات كبيرة أمامه، أهمها أنه يعيش مع تسعة ذيول (الكيوبي)، وهو وحش قوي تم حبسه بداخله عندما كان طفلًا.

ناروتو كان يعاني من العزلة في طفولته بسبب الوحش الذي بداخله، حيث كان الجميع يخافون منه، إلا أنه كان عازمًا على إثبات نفسه والحصول على اعتراف الجميع. طوال السلسلة، يتعلم ناروتو كيف يواجه التحديات ويتغلب على أعدائه، ويكتشف الكثير عن نفسه وعن علاقاته مع الآخرين.